카카오톡을 관리자 권한으로 실행해 보세요

1) 작업표시줄에 있는 카카오톡 아이콘 을 삭제 (마우스 오른쪽 버튼 메뉴에서 작업표시줄에서 제거)
2) 시작메뉴를 통해 카카오톡 실행한 후 작업표시줄에 고정
이렇게 한 다음 다시 시도해보세요
(참고로 카카오톡 업데이트가 진행시는 끝나고 구동되어야 해서 시간이 오래 걸래 구동되는 경우도 있더라구요)

저도 같은 증상인데요, 말씀하신대로했더니 처음 딱 한 번만 되더라구요.
이게 되는건가 신기해서, 다시 작업표시줄에서 삭제 했다가 추가 했더니 그 다음부터는 이전처럼 안됩니다...
시스템 트레이 아이콘 클릭해서 활성화 안되는게 은근 불편하네요.
(네이트온도 마찬가지로 시스템 트레이 아이콘 클릭으로 창 활성화 안됩니다.)