업그레이드로 하신 후에, 사용하시다가, 오류가 발생하시면, 그때쯤 클린 설치 하시는 것도 방법이 아닐까요?
기존 윈10에 설치된 프로그램들이 많을 경우, 클린 설치가 부담스럽긴 해요.

생각하는 것이 맞으나 업그레이드는 나중에 오류를 뿜을 가능성이 높아서 추천드리지 않습니다.

웬만하면 포맷하시고 설치하는걸 추천드려요, 업데이트도 누적되면 꼬이기 일쑨데 os자체를 업그레이드하면 여러 충돌이 일어나지 않을까 조금 걱정됩니다...

아니요. 제 기억이 맞다면 첫번째꺼 선택시 윈도우를 멀티로 설치하게 됩니다.
즉, 이전 윈도우와 새로 설치한 윈도우를 선택하여 부팅할 수 있죠.
보통 그럴 필요 없어서(자원이 많이 있어서) 2번째 것을 선택하여 디스크를 밀고 설치하죠.

아마 드라이버 선택시 기존 win10이 설치된 드라이브가 아닌 다른 드라이브를 선택하셔서 그렇게 되신게 아닌가 의심됩니다. 업그레이드로 설치시 추가로 설치되는게아닌 os를 11로 교체하는 작업입니다.